Doğal suların kalitesi, söz konusu su kaynağının bulunduğu havzanın jeolojisine bağlı olarak değişmektedir. Yağış suyu olarak yeryüzüne düşen sular hem doğal hem de yapay yollarla kirlenmektedir.
Örneğin kireçtaşı nitelikli ortamlar, kalsiyum ve magnezyum bakımından zengin, sert sulara neden olmaktadır. Böyle alanlardaki yağış suları yüzey sularına ve yeraltı sularına (kuyu suyu) ulaşabilmektedir. Yapay kirlenme ise tamamen insan aktiviteleri sonucu oluşmaktadır.
Endüstriyel atıklar, tarımda gübre ve ilaçların kullanımı, evsel atık sular, yeraltı ve yüzeysel sulara karışmakta ve su kalitesini olumsuz etkilemektedir.
Yer altı sularının yüzey sularına göre en büyük avantajları çevre kirliliğinden daha az etkilenmeleri ve bünyelerinde daha az miktarda askıda katı madde ihtiva etmelidir.